補助金の見積もりとは？見積書・相見積・持続化の注意点
【結論】補助金の見積もりとは、補助金・助成金の申請や交付の手続きに使うために、制度の条件に合わせて取る見積もりです。
- 交付決定より前の発注・契約を対象外とする制度があります。
- 一定額以上の発注では、複数社から同じ条件の見積もりを求める制度があります。
- 補助金の採択を保証する見積もりサービスはありません。
この記事では、システム開発に補助金・助成金を使おうと考えている担当の方に向けて、見積もりの取り方と注意点をまとめます。概算はミツモリーでも確認できます。
補助金の見積もりとは
補助金の見積もりとは、補助金・助成金の申請や交付の手続きに使うために、制度の条件に合わせて取る見積もりです。システム開発では、発注先の選定や経費の根拠として、見積書や同一条件の見積依頼が求められます。
制度ごとに、対象となる事業者、経費、申請の手続きが決められています。見積もりの社数や金額の基準も、公募要領で確かめます。
ミツモリー（mitsumo.li）の見積もり画面では、見積もりの用途の1つとして「補助金・助成金の申請用」を選べます。選ぶと、補助金を使う場合の注意が画面に表示されます。
補助金を使うときの基本的な流れ
補助金の多くは、申請して採択されたあと、交付決定を受けてから発注・契約・支払いを始める流れです。小規模事業者持続化補助金事務局の公募要領（一般型 通常枠、第20回）は、「補助金交付決定通知書に記載の交付決定日より前に行われた発注・契約・支出したものは補助対象外」としています。
| 流れの例 | 内容 |
|---|---|
| 申請 | 事業計画などを提出する |
| 採択 | 審査の結果が通知される（まだ発注できない） |
| 交付決定 | 交付決定通知書が届く |
| 発注・契約 | 交付決定日以降に発注・契約する |
| 実績報告 | 完了後に実績を報告する |
この流れは制度によって細部が異なります。申請前に、使う制度の公募要領で確かめます。見積もりそのものは、申請や交付申請の段階で必要になることが多いです。
交付決定前の発注と見積もりの違い
見積もりを取る行為と、発注・契約は別です。交付決定前の発注・契約を補助の対象外とする制度は、小規模事業者持続化補助金だけではありません。独立行政法人中小企業基盤整備機構の新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の公募要領（第1回、1.3版）も、交付申請手続きの際、補助事業における契約（発注）先の選定について、経済性の観点から複数の見積もりを取得し、最低価格を提示した者を選定することを求めています。
ミツモリーの見積もり画面も、補助金の申請に使う場合の注意として、「交付決定の前に発注・契約はしないでください」と表示します。発注のタイミングは、使う制度の公募要領で確かめます。
相見積もりのルール（制度による）
相見積もり（複数社からの見積もり）が必要になる金額の基準は、制度によって異なります。
| 制度 | 相見積もりの基準（公募要領の記載） |
|---|---|
| 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金（第1回公募要領） | 契約先1件あたりの見積額の合計が50万円（税抜き）以上になる場合、3者以上の同一条件による見積もりが必要 |
| 小規模事業者持続化補助金〈一般型 通常枠〉（第20回公募要領） | 発注総額（1件あたり）が50万円（税込）超については、2者以上から見積を取り、より安価な発注先を選ぶ |
小規模事業者持続化補助金の公募要領（第20回）は、相見積は価格の妥当性を確認するために求めるものであり、補助事業者自身が別々の企業から取得するよう求めています。見積を取ることが困難な場合は、随意契約の理由書を採択発表後から交付決定までに提出する扱いです。中古品の購入は、金額に関わらず2者以上の見積が必要で、理由書による随意契約での購入は補助対象外です。
ミツモリーの見積もり画面も、補助金の申請に使う場合の注意として、「ほかの会社の見積もりも必要になる場合があります」と表示します。基準の金額と必要な社数は制度によって違うため、使う制度の公募要領で確かめます。相見積もりが必要な場合は、同じ条件の見積依頼書（金額を書かないもの）を作れます。
持続化補助金の見積書・計上・記載
小規模事業者持続化補助金〈一般型 通常枠〉第20回の公募要領は、採択発表後から交付決定までに、経費の価格の妥当性を証明できる見積書等（相見積を含む）の提出が必要としています。支出内容が不明確なものは認められません。見積金額に複数の項目が含まれる場合は、内訳を示します。見積書等の提出期限（第20回は2028年2月29日）までに提出がない場合は、採択取消しとします。交付決定には、詳細な見積書を速やかに提出しても、採択発表からおおむね1〜2か月かかることがある、という目安も示されています。
システム開発の経費区分
同公募要領は、ウェブサイト、システム開発等に関連するソフトウェアは「ウェブサイト関連費」で計上するよう求めています。ウェブサイト関連費のみによる申請はできず、ほかの経費と一緒に申請する必要があります。当経費の補助金交付申請額の上限は30万円（税込）です。対象にならない経費の例として、関連するコンサルティング・アドバイス費用、販売を目的としたシステムやソフトウェア開発などが挙げられています。
| 項目 | 公募要領の整理（第20回） |
|---|---|
| 計上区分 | ウェブサイト関連費（システム開発等を含む） |
| 申請の制約 | ウェブサイト関連費のみの申請は不可 |
| 交付申請額の上限 | 30万円（税込） |
| 対象外の例 | 関連コンサル、販売目的のシステム開発 など |
見積書の記載で確かめること
補助金事務局の「見積書等の提出」案内は、発行日、書類の名称、宛名（補助事業者宛）、発行者、見積金額（税込・税抜が分かること）、取引内容（「一式」「等」ではなく具体的な品名や数量）などを挙げています。
| 確認観点 | 内容 |
|---|---|
| 宛名 | 補助事業者宛になっているか |
| 金額 | 税込・税抜が分かるか |
| 内訳 | 「一式」だけで終わっていないか |
| 相見積 | 基準額を超える発注で、別企業から取れているか |
| 取得者 | 補助事業者自身が取得しているか |
制度は改訂されることがあるため、申請前に最新の公募要領で上限と対象外を確かめます。
デジタル化・AI導入補助金とオーダーメイド開発
デジタル化・AI導入補助金2026のITツール登録要領（中小企業デジタル化・AI導入支援事業事務局）は、ITツール登録の対象外となるものとして、「製品が完成されておらず、スクラッチ開発を伴うソフトウェア」「特定の顧客向けに限定され、一般市場に販売されていないもの」を挙げています。発注者ごとに作る、一般に販売していないオーダーメイドの開発は、この制度で登録されたITツールとして扱われにくくなっています。
ミツモリーの見積もり画面でも、検討している補助金として「デジタル化・AI導入補助金」を選ぶと、「オーダーメイドの開発は、デジタル化・AI導入補助金の対象になりません」という注意が表示されます。見積書自体は、通常どおりお送りします。
ミツモリーで補助金の見積もりを取る進め方
ミツモリーは、株式会社ワンオブゼムが運営する、AIでシステム開発の概算見積もりを出すサービスです。見積もりは無料で、会員登録はいりません。
- ミツモリーのトップで、作りたいものを一言で書く
- 見積もりの用途で「補助金・助成金の申請用」を選ぶ
- 検討している補助金の種類を選ぶと、制度に応じた注意が表示される
- 見積書を依頼すると、概算見積書（PDF）をすぐに受け取れる
- 相見積もりが必要な場合は、同じ条件の見積依頼書（金額を書かないもの）を作れる
概算見積書はAIによる概算で、拘束力はありません。正式な金額は、担当者が内容を確認してお送りする正式見積書でお知らせします。正式見積書の受付は平日10:00〜18:00（締切17:30）で、17:30を過ぎたご依頼と休業日のご依頼は、翌営業日にお送りします。ミツモリーは、補助金の採択を保証しません。対象になる経費や、見積もりの取り方のルールに合っているかは、公募要領と事務局で確かめてください。先に概算を見たい方は、ミツモリーで見積もるから進められます。
よくある質問
補助金の見積もりとは何ですか？
補助金・助成金の申請や交付の手続きに使うために、制度の条件に合わせて取る見積もりです。システム開発では、発注先の選定や経費の根拠として求められます。社数や金額の基準は、使う制度の公募要領で確かめます。
交付決定の前に発注してもよいですか？
制度によります。小規模事業者持続化補助金事務局の公募要領は、交付決定通知書に記載の交付決定日より前の発注・契約・支出を補助対象外としています。見積もりを取ることと、発注・契約は別です。発注のタイミングは公募要領で確かめます。
相見積もりは何社から取ればよいですか？
制度と金額によります。新事業進出・ものづくり商業サービス補助金は契約先1件あたり50万円（税抜き）以上で3者以上、小規模事業者持続化補助金は発注総額1件あたり50万円（税込）超で2者以上の見積を、公募要領で求めています。中古品は金額に関わらず2者以上です。
持続化補助金の見積書はいつ提出しますか？
採択発表後、交付決定までに提出します。第20回公募要領は、提出期限までに見積書等がない場合は採択取消しとしています。複数項目がある見積は内訳を示します。期限と様式は最新の公募要領と事務局案内で確かめます。
持続化補助金でシステム開発はどの経費になりますか？
ウェブサイト関連費で計上します。ウェブサイト関連費のみの申請はできず、交付申請額の上限は30万円（税込）です。販売目的のシステム開発や関連コンサルは対象外の例として挙げられています。
デジタル化・AI導入補助金でオーダーメイドの開発は対象になりますか？
なりにくい制度です。デジタル化・AI導入補助金のITツール登録要領は、スクラッチ開発を伴うものや、特定の顧客向けに限定され一般市場に販売されていないものを、登録の対象外としています。
補助金の採択は保証されますか？
保証されません。ミツモリーも、補助金の採択を保証していません。対象になる経費や、見積もりの取り方のルールに合っているかは、お客さま自身が公募要領と事務局で確かめる必要があります。
補助金の申請書は誰が作成しますか？
制度によります。事業計画や申請書を申請者自身が作成・申請することを求める制度があります。申請の代行についての条件も制度ごとに異なるため、使う制度の公募要領で確かめます。
補助金を使う見積もりのルールはどこで確認すればよいですか？
使う制度の公募要領と、その事務局のホームページで確認します。公募要領は改訂されることがあるため、最新版を事務局のホームページで確かめます。
ミツモリーで補助金用の見積もりは取れますか？
取れます。ミツモリーで、見積もりの用途に「補助金・助成金の申請用」を選ぶと、検討している補助金の種類に応じた注意が画面に表示されます。見積もりは無料で、会員登録はいりません。採択は保証しません。
参考にした資料
- 独立行政法人中小企業基盤整備機構「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 公募要領（第1回）」1.3版、令和8年9月
- 小規模事業者持続化補助金事務局「小規模事業者持続化補助金〈一般型 通常枠〉第20回公募 公募要領」第7版、2026年5月
- 小規模事業者持続化補助金事務局「見積書等の提出」
- 中小企業デジタル化・AI導入支援事業事務局「デジタル化・AI導入補助金2026 ITツール登録要領」
- 中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金2026の公募要領を公開しました」2026年3月10日
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